小鼠植入前发育中新长非编码RNAs的系统鉴定取得重要进展

11月27日，amjs澳金沙官网生命学院吕杰博士在《Molecular Genetics andGenomics》在线发表了题目为《Identification of 4438novel lincRNAs involved in mouse pre-implantation embryonic development》的研究性论文。

该研究报道了大量在小鼠植入前发育中表达的且之前未注释的长基因间非编码RNAs（lincRNAs）。植入前发育过程伴随着母本残留转录组的降解和合子内父母本转录本的生成，称为合子基因组激活。植入前发育过程中，合子经过了多次分裂，为多细胞生物的发育提供了基础，直到着床为止。然而，单细胞测序的技术日渐成熟，才使得解析植入前发育的转录组成为可能。该研究利用单细胞RNA-seq数据进行转录组重建，并鉴定了4438个推测的lincRNAs。和已知基因注释进行整合，建立了一个包含植入前发育过程中表达的5808个lincRNAs的参考目录。利用已建立的预测lincRNAs的管线对这些lincRNAs进行分析，发现新lincRNAs具有与已注释lincRNAs相似的基因组特征，并且被染色质修饰等功能基因组学数据所证实。此外，聚类分析发现合子第一次分裂形成二细胞的过程中出现了剧烈的转录组表达模式的改变，并且合子该过程中差异表达的lincRNAs和启动子甲基化的变化呈现负相关关系，表明lincRNAs在植入前发育受到甲基化的调控，值得进一步的实验研究。植入前发育过程中表达的小鼠lincRNAs是进一步功能研究的重要资源。对小鼠植入前发育的机制研究乃至对人类辅助生殖的研究提供了重要的基础。

发育生物学实验室在国家自然科学基金（基于RNA-seq数据识别胚胎发育相关的lncRNA及新候选lncRNA的鉴定及功能研究）的支持下围绕lincRNAs展开了生物信息学和实验研究两方面的工作，在《Nucleic Acids Research》（IF: 8.8）、《PLoS ONE》（IF: 3.5）、《Molecular Genetics andGenomics》（IF: 2.8）、《Molecules & Cells》（IF: 2.2）等期刊发表了许多重要的研究成果，筛选了在动物器官发育中具有重要意义的lincRNAs，为进一步的功能研究奠定了基础。

 

文章链接：http://link.springer.com/article/10.1007/s00438-014-0952-z