小鼠发育甲基化数据库研究取得重要进展

发布者：系统管理员发布时间：2014-04-18浏览次数：1970

1月9日，amjs澳金沙官网生命学院吴琼教授所带领的发育生物学课题组在牛津大学出版社旗下的著名生物数据库期刊《Database》上发表题为《DevMouse,小鼠发育甲基化组数据库及分析工具》（DevMouse，the mouse developmental methylome database and analysis tools）的研究论文。该项研究首次构建了集小鼠各发育时期的高通量DNA甲基化谱于一体的在线数据库及分析平台，对帮助科研人员研究小鼠发育过程中的DNA甲基化动态及挖掘关键发育表观遗传调控因子具有非常重要的科学价值。

该数据库是amjs澳金沙官网继miR2Disease之后的又一重要的生命科学数据库。目前该数据库已经正式在线运行近6个月，先后被包括Scienceness, Sciencescape等在内的国内外多家媒体报道，已有来自中国、美国等全世界15个国家的科研人员登录使用，累计访问量已达2000余次。吴琼教授为本研究论文的通讯作者，其博士研究生刘洪波为该论文的第一作者。

DNA甲基化在发育过程中经历了动态性变化，对调控重要的发育基因具有重要的作用。小鼠是研究发育过程的最为理想的动物模型之一，基于二代测序技术人们测定了小鼠发育过程中多种发育阶段的DNA甲基化谱，对这些甲基化谱的收集整理将有利于人们研究DNA甲基化在小鼠发育过程中的调控机制。为此，该课题组收集整理了目前小鼠发育过程中的多套DNA甲基化谱，并整合了小鼠基因组的其他信息，构建了系统全面的小鼠发育甲基化组数据库。通过该数据库，用户可以搜索基因组的功能区域（如基因、miRNA、lncRNA以及特定的基因组区域）在不同发育过程中的DNA甲基化谱，并通过数据库集成的分析工具对搜索到的甲基化谱进行分析，如筛选差异甲基化的基因、基因功能注释、层次聚类、数据库可视化；此外，用户还可以下载数据和分析结果用于进一步的分析。

该数据库将为人们研究小鼠发育过程中的DNA甲基化动态提供便利，帮助人们找到新的潜在的发育标记，并为研究人类发育过程以及复杂疾病的调控机制提供基础。